Gua menjadi keindahan alam yang menarik perhatian karena keunikan bentuk dan strukturnya. Keindahan yang dihadirkan tidak jarang menjadikan gua sebagai destinasi wisata yang menjanjikan. Selain itu, aktivitas manusia di gua-gua sekarang ini juga sudah terbilang tinggi seperti penangkapan kelelawar, pengambilan guano, penebangan liar, penambangan kapur ataupun batu gamping dan lain-lain. Dampak aktivitas manusia terhadap ekosistem yang ada di dalam gua memerlukan penelitian dengan memperhatikan perubahan lingkungan yang berpengaruh baik secara langsung maupun tidak langsung terhadap fauna yang menghuninya. Pengaruh tidak langsung seperti dampak penangkapan kelelawar dan penambangan kapur. Pengambilan kelelawar dan gangguan terhadap koloni kelelawar akan menyebabkan punahnya kelelawar dari dalam gua. Penangkapan kelelawar secara nyata akan mengurangi jumlah koloni kelelawar dan akan mengurangi pasokan bahan organik melalui guano yang dihasilkan kelelawar. Gangguan dan penangkapan terhadap kelelawar akan mempengaruhi keseimbangan ekosistem dalam gua. Hilangnya guano baik karena punahnya kelelawar maupun penambangan guano akan berpengaruh juga terhadap berlimpahnya arthropoda gua baik jumlah jenis maupun jumlah individu.
Aktivitas manusia lainnya seperti wisata dan pembakaran kayu di dalam gua akan mengganggu keberadaan kelelawar yang ada. Aktivitas wisata gua juga akan berpengaruh secara langsung maupun tidak langsung. Sampah-sampah anorganik yang tidak bisa diurai tidak hanya menyebabkan rusaknya keindahan gua tapi juga sekaligus mengganggu keseimbangan energi di dalam gua. Namun semua dampak tersebut adalah konsekuensi yang harus ditanggung oleh gua jika di buka untuk pariwisata. Sehingga diperlukan pengelolaan yang dapat mengurangi laju penurunan kualitas lingkungan dan kekayaan fauna gua.
Dampak lain terhadap lingkungan akibat penambangan batu gamping adalah hilangnya vegetasi penutup, bukit karst menjadi gundul, berkurangnya kandungan oksigen di udara, suhu disekitar bukit karst menjadi panas, berkurangnya penyerap air hujan, tanah rentan terhadap erosi, menurunnya produktvitas lahan, gangguan terhadap habitat flora dan fauna, hilangnya gunung gamping dan tanah liat, rusaknya mata air, pencemaran air, berkurangnya fungsi penyerapan karbondioksida di atmosfer.
Beberapa hal yang perlu dilakukan dalam pengelolaan gua wisata adalah peningkatan kesadaran para pemandu wisata untuk memberikan contoh sekaligus mengarahkan pengunjung untuk tidak melakukan hal-hal yang dapat merusak ekosistem gua seperti pembuangan sampah di dalam gua , mengganggu kelelawar dan corat coret. Namun sebelum itu hendaknya sudah ditentukan jalur atau rute yang akan dilewati dan juga ditentukan lokasimana yang tidak boleh untuk dikunjungi dengan mempertimbangkan segala aspek yang penting di dalam gua. Penentuan jalur untuk wisata gua ini akan sedikit mengurangi gangguan terhadap gua dan kehidupannya.
Pembangunan fasilitas di dalam gua pun perlu mempertimbangkan kelestarian gua seperti perlu dihindarinya pembuatan jalan dengan menggunakan beton dan penerangan lampu yang berlebihan seperti penggunaan obor maupun lampu listrik. Penggunaan obor akan mempengaruhi kesimbangan mikroklimat di dalam gua serta menyebabkan rusaknya keindahan gua karena terkena asap obor.
Sedangkan aktivitas penangkapan kelelawar dan penambangan guano juga perlu dicegah atau dikurangi dengan menentukan masa penangkapan dengan waktu yang sesuai. Dalam hal ini penegakkan hukum dan peningkatan kesadaran masyarakat perlu ditingkatkan melalui penyuluhan dan kampanye agar kelestarian gua dan kehidupannya tetap terjaga. Karena alam memberikan apa yang kita butuhkan bukan apa yang kita inginkan.